芥菜TCP轉錄因子家族全基因組鑒定及表達分析

李坤杰; 譚杉杉; 孫勃; 饒丹; 何琦; 閔愛玲; 李夢瑤 四川農業大學園藝學院; 成都611130

關鍵詞:芥菜 tcp家族 全基因組鑒定 進化分析 表達分析 

摘要:【目的】對芥菜基因組中TCP轉錄因子家族基因成員進行鑒定和序列分析,并分析TCP家族基因在莖發育時期的表達水平,為研究芥菜TCP基因功能和莖膨大機理提供基因源和理論依據。【方法】從蕓薹屬基因組數據庫下載芥菜基因組數據,結合轉錄組數據,對芥菜TCP轉錄因子家族成員進行鑒定,并利用生物信息學方法對該家族成員進行理化性質、亞細胞定位、系統發育關系、基因結構、染色體定位及莖不同發育時期基因表達譜等方面的分析。【結果】芥菜TCP家族共有53個成員;系統進化樹分析可分為兩個大的亞組;TCP基因大都位于細胞核上,但理化性質差異很大;大部分基因沒有內含子,基因結構保守性較高;在染色體上分布不均;表達模式分析顯示TCP家族基因可能在芥菜莖膨大中起重要作用。【結論】鑒定了53個芥菜TCP家族基因成員,并發現PCF亞組成員在芥菜莖發育時期特異性表達,可能在芥菜莖的生長發育過程中起重要作用,該研究為芥菜及其他植物中TCP家族的鑒定和功能研究提供了理論基礎。

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